Hana, seorang mahasiswi yang rajin, jatuh cinta pada seorang pria misterius yang menghadiri salah satu kelasnya meskipun ia bukan mahasiswa sungguhan. Ternyata, ia juga bukan manusia sejati. Pada malam bulan purnama, ia berubah wujud, mengungkapkan bahwa ia adalah manusia serigala terakhir yang masih hidup. Meskipun demikian, cinta Hana tetap kuat, dan keduanya akhirnya memutuskan untuk memulai sebuah keluarga.
Hana melahirkan dua anak yang sehat—Ame, lahir saat hujan, dan Yuki, lahir saat salju—keduanya memiliki kemampuan untuk berubah menjadi serigala, sifat yang diwarisi dari ayah mereka. Namun, tak lama kemudian, kematian mendadak kekasihnya menghancurkan hidup Hana, meninggalkannya untuk membesarkan keluarga yang unik sepenuhnya sendirian. Tekanan membesarkan anak-anaknya yang berwatak liar di kota yang padat penduduk, sambil merahasiakan identitas mereka, berujung pada keputusan untuk pindah ke pedesaan, di mana ia berharap Ame dan Yuki dapat menjalani hidup bebas dari penilaian masyarakat. Wolf Children adalah kisah mengharukan tentang tantangan menjadi seorang ibu tunggal di dunia modern yang kejam.
