Tomorou Tenma memiliki e-Pulse yang sangat kuat—energi yang diciptakan oleh pikiran dan emosi manusia yang memberi daya pada perangkat AI berbentuk telur bernama Sapotama. Kehidupan sehari-hari dunia bergantung pada bantuan Sapotama, tetapi kekuatan e-Pulse Tomorou sering menyebabkan gangguan pada perangkat tersebut. Suatu malam, makhluk aneh yang menyebut dirinya Gekkoumon muncul dari perangkatnya dan bersikeras untuk memakan e-Pulse Tomorou.
Gekkoumon adalah Digimon, makhluk yang memakan e-Pulse yang lahir dari kesalahan pada Sapotama. Beberapa Digimon benar-benar menguras energi manusia, membuat mereka dalam keadaan koma yang dikenal sebagai Cold Heart. Ketika kakak laki-laki Tomorou, Asuka, menjadi korban fenomena ini, Tomorou bersumpah untuk membalas dendam.
Tomorou bertemu dengan sekelompok pengguna Digimon bernama Glowing Dawn, yang memburu Digimon jahat untuk mendapatkan hadiah. Pemimpin mereka, Kyou Sawashiro, menjelaskan bahwa mungkin masih ada harapan untuk kesembuhan Asuka. Meskipun Tomorou kesulitan mempercayai orang asing ini, dia memutuskan untuk bergabung dengan mereka, karena dia menyadari bahwa menyelamatkan saudaranya mungkin tidak dapat dilakukannya sendiri.
