Dua tahun telah berlalu sejak berakhirnya Perang Ninja Besar Keempat. Konohagakure tetap dalam keadaan damai dan harmonis—sampai Hokage Keenam Kakashi Hatake menyadari bulan mendekati Bumi dengan berbahaya, menimbulkan ancaman kehancuran planet.
Di tengah cobaan berat tersebut, Konoha diserang oleh kejahatan baru, Toneri Oosutuski, yang tiba-tiba menculik adik perempuan Hinata Hyuuga, Hanabi. Kakashi mengirimkan tim ninja terampil yang terdiri dari Naruto Uzumaki, Sakura Haruno, Shikamaru Nara, Sai, dan Hinata dalam upaya menyelamatkan Hanabi dari cengkeraman jahat Toneri. Namun, selama misi mereka, tim tersebut menghadapi beberapa rintangan yang menantang mereka, menggagalkan upaya mereka.
Dengan penculikan Hanabi, hubungan yang terjalin di antara anggota tim diuji, dan dengan dunia yang berada di ambang kehancuran, mereka harus berpacu dengan waktu untuk memastikan keselamatan planet mereka. Sementara itu, saat pertempuran berlangsung, Naruto terdorong untuk berjuang demi sesuatu yang lebih besar dari yang pernah ia bayangkan—cinta.
