Setelah menyelesaikan pekerjaan mereka di Kota Yorknew, Leorio Paladiknight dan Kurapika menyelidiki rumor penampakan seorang anak laki-laki dengan mata merah menyala, karena mereka percaya orang ini adalah anggota Klan Kurta yang sekarang sudah tidak ada lagi. Kurapika berharap menemukan penyintas lain dari klan tersebut selain dirinya sendiri, tetapi malah kehilangan kedua matanya setelah diserang oleh seseorang yang tampaknya adalah teman masa kecilnya.
Leorio merawat luka Kurapika, dan kemudian memanggil Gon Freecss dan Killua Zoldyck untuk membantu mengambil bola mata Kurapika. Namun, pencarian mereka membawa mereka berhadapan langsung dengan kelompok pencuri terkenal yang dikenal sebagai Phantom Troupe—orang-orang yang sama yang membantai seluruh Klan Kurta lima tahun lalu karena mata merah menyala mereka, yang berubah warna saat marah.
Hunter x Hunter Movie 1: Phantom Rouge mengikuti petualangan para anak laki-laki tersebut. Dalam upaya menemukan mata teman mereka dan menangkap pencuri, mereka harus menggali lebih dalam ke masa lalu Phantom Troupe. Dan dalam prosesnya, mereka bertemu dengan seorang gadis misterius yang tampaknya terkait dengan semua itu…
