Ayumu Aikawa adalah seorang siswa SMA berusia 16 tahun yang tewas secara tragis saat menyelidiki sebuah rumah yang mencurigakan. Namun, ia segera terbangun di samping seorang gadis berzirah aneh bernama Eucliwood Hellscythe. Gadis itu mengungkapkan dirinya sebagai seorang ahli sihir yang telah menghidupkan kembali Ayumu, dan akibatnya mengubahnya menjadi zombie!
Kini abadi, Ayumu mulai memburu pembunuhnya. Suatu hari, saat mencari di sebuah pemakaman, ia bertemu dengan seorang gadis muda yang riang bernama Haruna, yang sedang melawan beruang dengan gergaji mesin sambil mengenakan pakaian gadis penyihir. Setelah membunuh binatang buas itu, Haruna mencoba menghapus ingatan Ayumu tentang dirinya, tetapi Ayumu malah menyerap sihirnya untuk dirinya sendiri. Kehilangan kekuatannya, Haruna sekarang memerintahkan Ayumu untuk mengambil alih perannya memburu makhluk-makhluk aneh yang dikenal sebagai “Megalo,” monster yang berkeliaran di dunia manusia dan meneror penduduk.
Kore wa Zombie Desu ka? Mengikuti keseharian Ayumu, manusia yang berubah menjadi zombie, saat ia memulai kehidupan barunya yang menggelikan di mana hal-hal supernatural menjadi hal yang biasa.
