Dua tahun telah berlalu sejak invasi Tendoshuu ke Terminal Pusat O-Edo. Sejak itu, Yorozuya telah berpisah. Meramalkan kembalinya Utsuro, Gintoki Sakata mulai meneliti garis ley Bumi untuk mencari jejak Altana milik pria lain itu. Setelah bertemu dengan sisa-sisa Tendoshuu—yang terus berupaya mencari keabadian—Gintoki kembali ke Edo.
Kemudian, Shinsengumi dan Yorozuya yang telah berkumpul kembali memulai serangan terhadap Terminal Pusat yang diduduki. Dengan Altana yang diambil dari reruntuhan kapal Tendoshuu yang terancam meledak, Yorozuya dan sekutu mereka melawan musuh-musuh mereka sementara keselamatan Edo—dan seluruh dunia—dipertaruhkan. Untuk memenuhi keinginan guru mereka, mantan murid Shouyou Yoshida bersatu dan menghidupkan kembali masa lalu mereka untuk terakhir kalinya dalam upaya menyelamatkan masa depan mereka.
