Di Kota Fuyuki, Perang Cawan Suci Kelima akan segera dimulai—pertempuran panjang yang penuh darah, kematian, dan penderitaan. Siswa SMA Rin Toosaka telah berlatih sepanjang hidupnya untuk momen ini—untuk menjadi seorang magus yang mampu menjadi Master dalam perang tersebut. Memanggil Servant-nya yang dikenal sebagai Archer, Rin akhirnya melangkah ke medan pertempuran.
Menemukan bahwa salah satu kenalannya, Shirou Emiya, juga terlibat dalam perang, Rin menawarkan untuk membentuk aliansi untuk sementara waktu. Dan seiring kedekatan mereka berdua, Rin mulai mempelajari lebih banyak tentang takdir dan cita-cita Shirou. Meskipun demikian, tujuannya tetap sama: untuk memenangkan relik mahakuasa yang dapat memenuhi keinginan mereka yang menang setelah perang—Cawan Suci.
