Haruyuki Arita adalah seorang siswa SMP yang kelebihan berat badan dan sering diintimidasi, yang menemukan pelipur lara dalam bermain game online. Namun, hidupnya berubah drastis suatu hari ketika ia mendapati semua skor tertingginya telah dikalahkan oleh Kuroyukihime, wakil ketua OSIS yang populer. Kuroyukihime kemudian mengundang Haruyuki ke ruang santai siswa dan memperkenalkannya pada “Brain Burst,” sebuah program yang memungkinkan pengguna untuk mempercepat gelombang otak mereka hingga waktu seolah berhenti. Brain Burst juga berfungsi sebagai game pertarungan augmented reality, dan untuk mendapatkan lebih banyak poin untuk mempercepat gelombang otak, pengguna harus memenangkan duel melawan pemain lain. Namun, jika pengguna kehilangan semua poinnya, mereka juga akan kehilangan akses ke Brain Burst selamanya.
Kuroyukihime menjelaskan bahwa ia memilih untuk menunjukkan program tersebut kepada Haruyuki karena ia membutuhkan bantuannya. Ia ingin bertemu dengan pencipta Brain Burst dan mengungkap alasan mengapa program itu diciptakan, tetapi itu lebih mudah diucapkan daripada dilakukan; untuk melakukannya, ia harus mengalahkan “Enam Raja Warna Murni.” Para pemimpin faksi yang kuat dalam permainan, dan mencapai level 10, level tertinggi yang dapat dicapai. Setelah gadis itu membantu Haruyuki mengatasi para pengganggu yang menyiksanya, dia bersumpah untuk membantunya mewujudkan tujuannya, dan begitulah dimulainya perjuangan duo ini untuk mencapai puncak.
