Setelah kebakaran misterius menewaskan keluarganya, Shirou diselamatkan dan diadopsi oleh Kiritsugu Emiya, yang mengajarkannya tentang sihir dan keadilan.
Suatu malam, bertahun-tahun setelah kematian Kiritsugu, Shirou sedang membersihkan sekolah ketika ia mendapati dirinya terjebak di tengah-tengah pertarungan mematikan antara dua manusia super yang dikenal sebagai Servant. Saat mencoba melarikan diri, bocah itu ditangkap oleh salah satu Servant dan menerima luka yang mengancam jiwa. Secara ajaib, ia selamat, tetapi Servant yang sama kembali untuk menyelesaikan apa yang telah dimulainya. Dalam keputusasaan, Shirou memanggil Servant-nya sendiri, seorang ksatria bernama Saber. Keduanya kini harus berpartisipasi dalam Perang Cawan Suci Kelima, sebuah pertarungan besar antara tujuh Servant dan para penyihir yang memanggil mereka, dengan hadiah utamanya tidak lain adalah Cawan Suci yang mahakuasa itu sendiri.
Fate/stay night mengikuti Shirou saat ia berjuang untuk menemukan garis tipis antara seorang pahlawan dan seorang pembunuh, cita-citanya berbenturan dengan kenyataan pahit di sekitarnya. Akankah bocah itu menjadi pahlawan seperti ayah angkatnya, atau mati dalam upaya tersebut?
