Dalam keputusasaan, Edward Elric mengorbankan tubuh dan jiwanya untuk menyelamatkan saudaranya, Alphonse, dan kini terlantar di jantung kota Munich, Jerman. Ia berjuang untuk beradaptasi dengan dunia yang sama sekali asing baginya setelah krisis ekonomi yang terjadi pasca Perang Dunia I. Terisolasi dan tidak dapat kembali ke rumah dengan keahlian alkimianya, Edward terus meneliti metode lain untuk melarikan diri dari penjara bersama rekan-rekannya yang memiliki kemiripan yang mencolok dengan banyak orang yang ditinggalkannya. Saat ketidakpuasan meningkat di kalangan warga Jerman, negara-negara tetangganya juga merasakan keresahan bangsa yang terhina tersebut.
Sementara itu, Alphonse terus menyelidiki hilangnya Edward, mendalami ilmu alkimia dengan harapan akhirnya dapat bersatu kembali dengan kakak laki-lakinya.
