Di pegunungan utara Fiore terletak Desa Api, tempat sebuah relik berwarna biru subur yang dikenal sebagai Batu Phoenix disimpan. Dipercayakan kepada seorang wanita misterius bernama ‘Clair’, konon batu itu mengandung kekuatan phoenix kuno. Ia mengembara sendirian di negeri itu dan melindungi batu tersebut dari bahaya, meskipun ia tidak ingat mengapa batu itu dipercayakan kepadanya dan hanya memiliki ingatan samar tentang ke mana ia harus membawanya.
Setelah bertemu dengan guild penyihir Fairy Tail, ‘Clair’ menerima tawaran dari Natsu Dragneel dan teman-temannya untuk membantunya mengungkap misteri seputar batu tersebut. Namun, di tengah perjalanan kelompok tersebut, ‘Clair’ tiba-tiba diserang dan batu itu diambil darinya. Dengan ini, niat jahat untuk menghidupkan kembali phoenix yang menyala-nyala karena kekuatannya yang tak tertandingi terungkap, dan para penyihir Fairy Tail mendapati diri mereka dalam situasi yang dapat mendatangkan malapetaka. Mereka sekarang harus bekerja sama untuk mencegah kebangkitan phoenix dan menyelamatkan dunia dari kehancuran.
