Setelah setahun di Amerika, Kurisu Makise kembali ke Akihabara dan bertemu kembali dengan Rintarou Okabe. Namun, pertemuan mereka terputus ketika Okabe mulai mengalami kilasan berulang tentang garis waktu lain sebagai konsekuensi dari perjalanan waktunya yang mulai terwujud. Efek samping ini akhirnya berujung pada hilangnya Okabe secara tiba-tiba dari dunia, dan hanya Kurisu yang terkejut yang memiliki ingatan tentang keberadaannya.
Di tengah keputusasaan, Kurisu dihadapkan pada pilihan yang sangat sulit yang akan menguji tugasnya sebagai ilmuwan dan kesetiaannya sebagai teman: mengikuti nasihat Okabe dan menjauhi perjalanan waktu untuk menghindari konsekuensi potensial yang mungkin terjadi pada garis waktu, atau mengabaikannya untuk menyelamatkan orang yang paling ia sayangi. Terlepas dari keputusannya, jalan yang dipilihnya akan memengaruhi masa lalu, masa kini, dan masa depan.
