Setelah bergabung dengan perlawanan terhadap bakufu, Gintoki dan kawan-kawan bersembunyi, bersama Katsura dan pemberontak Joui-nya. Tak lama kemudian, Yorozuya didekati oleh Nobume Imai dan dua anggota Kiheitai, yang menjelaskan bahwa bajak laut Harusame telah berbalik melawan Kapten Divisi ke-7 Kamui dan mantan sekutu mereka, Takasugi. Kiheitai memberi Gintoki tugas: menemukan Takasugi, yang hilang sejak kapalnya diserang dalam penyergapan Harusame. Nobume juga membuat pengungkapan mengejutkan mengenai Tendoushuu, sebuah organisasi rahasia yang mengendalikan berbagai faksi, dan pemimpin mereka, Utsuro, sosok misterius dengan kemiripan yang luar biasa dengan mantan guru Gintoki.
Menumpang pesawat ruang angkasa Sakamoto, Yorozuya dan Katsura berangkat menuju Rakuyou, planet asal Kagura, tempat berbagai faksi berkumpul dan ketegangan meningkat. Dendam yang telah lama terpendam, perselisihan politik internal, dan rencana jahat Tendoushuu akhirnya memuncak dalam pertempuran besar dan menentukan di Rakuyou.
