Akademi Tsukimihara, sebuah neraka teknologi yang menyamar sebagai surga, adalah sekolah menengah buatan yang menjadi latar Perang Cawan Suci berikutnya. Diciptakan oleh komputer Moon Cell, sekolah ini dihuni oleh jiwa-jiwa yang diproyeksikan dari Bumi yang memiliki sedikit saja bakat untuk menjadi “Master”. Dari 256 jiwa ini, 128 akan dipilih untuk turnamen utama dan diberikan Servant. Setelah semua Master terpilih, Akademi mengaktifkan pembersihan, menargetkan makhluk hidup yang tersisa untuk dieliminasi.
Terbangun dalam genangan darahnya sendiri, Hakuno Kishinami menolak untuk mati. Didorong oleh perasaan benci yang tak diketahui, ia bersumpah untuk berjuang demi kelangsungan hidup. Saat ia berjuang untuk melarikan diri dari pengejar yang tak kenal lelah, ia menemukan pedang merah tua tertancap di tanah; dan dengan mencabutnya, Hakuno memanggil Servant-nya sendiri, Saber, yang langsung menghancurkan pengejarnya dalam semburan kelopak mawar. Dengan kekuatan barunya, Hakuno kini harus memulai perjalanannya ke inti Moon Cell, Sangkar Angelica. Di sana, ia akan mengungkap alasan keberadaan dunia buatan ini dan rahasia masa lalunya yang berlumuran darah.
