SMA UA harus mendapatkan kembali kepercayaan publik setelah serangan penjahat yang mengejutkan selama sesi latihan kelas 1-A. Meskipun beberapa guru terluka parah dalam serangan itu, Izuku “Deku” Midoriya dan teman-teman sekelasnya harus terus belajar dan berlatih, serta menggunakan quirk mereka di berbagai lingkungan dan keadaan.
Boku no Hero Academia: Sukue! Kyuujo Kunren! mengikuti kelas 1-A saat mereka mencoba untuk akhirnya menyelesaikan pelatihan mereka. Namun, ada sosok bertopeng yang berkeliaran di sekitar pusat pelatihan. Apakah penjahat yang bertanggung jawab atas insiden sebelumnya telah kembali untuk menyelesaikan pekerjaan mereka? Jika demikian, apakah para siswa siap untuk melawan balik?
