Kehidupan di kapal pesiar setelah Ujian Khusus Pulau sama sekali tidak berjalan mulus. Hampir segera setelah kembali, siswa tahun pertama Sekolah Menengah Atas Pengembangan Bakat Metropolitan Tokyo menghadapi ujian khusus lainnya, dengan poin kelas dan individu dipertaruhkan.
Selain aturan yang rumit, masalah lain muncul dalam bentuk Kakeru Ryuuen dan Kei Karuizawa. Marah dengan hasil ujian sebelumnya, Ryuuen bertekad untuk mengungguli setiap kelas dalam tantangan baru dengan segala cara. Sementara itu, Karuizawa, pilar penting Kelas D, hampir runtuh di bawah tekanan masa lalunya.
Panggung kini telah siap bagi Kiyotaka Ayanokouji untuk sekali lagi—menggunakan seluruh perencanaan, pandangan jauh ke depan, dan manipulasi tanpa ampunnya—mengarahkan Kelas D menuju kemenangan sementara pasukan musuh yang berbahaya berusaha menjatuhkannya.
