Pada suatu hari musim panas yang hangat, seorang anak laki-laki mendengar suara lonceng berdering, seolah-olah sebagai tanda perayaan, di gunung dekat rumahnya. Beberapa tahun kemudian di gunung yang sama, mushishi Ginko bertemu dengan seorang gadis aneh dengan gulma yang tumbuh di tubuhnya. Tak lama kemudian, Ginko secara kebetulan bertemu dengan Yoshiro yang kini sudah dewasa dalam perjalanannya meninggalkan gunung. Dengan bantuan Yoshiro, Ginko segera mulai mengungkap siapa gadis misterius ini dan apa yang terjadi padanya.
Adaptasi dari arc terakhir dalam manga, Mushishi Zoku Shou: Suzu no Shizuku mengikuti perjalanan aneh Ginko di tengah dunia gaib untuk mengungkap misteri di balik gadis misterius bernama Kaya dan gunung yang telah menjadi rumahnya.
