Takashi Natsume dan teman rohnya, Madara, yang dijuluki “Nyanko,” terus mengembalikan nama-nama roh dari Kitab Teman yang diberikan oleh mendiang neneknya, Reiko Natsume.
Suatu hari dalam perjalanan pulang dari sekolah, Takashi bertemu dengan roh yang bersembunyi bernama Monmonbou, yang mengingat kenangan tentang nenek Takashi setelah mendengar namanya. Rasa ingin tahu Takashi yang alami membawanya menjelajahi kota misterius tempat neneknya dulu tinggal. Berteman dengan kenalan lamanya, Yorie Tsumura, dan putra Yorie, Mukuo, Takashi mengungkap lebih banyak tentang masa lalu neneknya.
Sementara itu, Nyanko berbelok mencari makanan dan menemukan “Benih Roh” yang mencurigakan, yang secara ajaib tumbuh menjadi pohon buah dalam semalam. Karena tergoda, Nyanko memakan buah itu, membelahnya menjadi tiga. Mencari solusi atas kesulitan yang dialami Nyanko, Takashi dan teman-temannya mengulurkan tangan, dan tanpa diduga mengungkap lebih banyak rahasia yang tersembunyi di kota itu dalam prosesnya.
